Auf einer Insel für Nanotechnologien bricht das Chaos aus. Der Hauptcomputer, der die Insel verwaltet, dreht durch und mikroskopisch kleine Nanotech-Roboter verwandeln die Inselbewohner in bösartige Mutanten. Natürlich muss sich einer um den Mist kümmern und so wird der Cyborg Jake Warren aus seinem Kälteschlaf aufgetaut. In die Hand bekommt er ein flexibles Plasmaschwert und den Auftrag Michelle Baker ausfindig zu machen, die sich irgendwo auf dem Eiland befindet. Sie ist leider die einzige Person, die den Hauptcomputer deaktivieren kann.

Bereits im letzten Jahr feierte Mega Man sein Debüt auf der PS2. Mega Man (bzw. Rock Man in Japan) gehört zu den Capcom-Maskotchen der ersten Stunde. Zum ersten Mal erblickte der Cyborg in grauer 8 Bit-Vorzeit auf Nintendos NES das Licht die Welt und lieferte ausgefeilte Jump´n Shoot-Action. Diesem puristischen Gameplay blieb die Figur über die Jahre konsolenübergreifend treu, die Evolution eines Mario war ihm verwehrt. In X7 wurde die antiquierte Bitmap-Optik der Vorgänger durch eine zeitgemäßere 3D-Engine abgelöst, das zweidimensionale Spielsystem blieb jedoch unangetastet – auch X8 orientiert sich an dieser Kombination.