Vor Jahrzehnten wurden unbekannte Lebensformen, offensichtlich aus rein zerstörerischem Instinkt geboren, erstmals in Perseus-Spiralarm entdeckt. Die Besorgnis der Menschheit wuchs, als die Organismen sich – scheinbar mit einem bestimmten Ziel – zu vermehren begannen. Diese Sorge entwickelte sich zu Angst, als die Lebensformen weiter in den Orion-Arm vordrangen und sich der Erde näherten. Die Eindringlinge erhielten einen Namen: das Bydo-Imperium. Um den Vormarsch der Bydos aufzuhalten, setzte das Weltraumkorps fortschrittliche Kampfflieger ein, deren Vielseitigkeit und Leistungsstärke sich in vereinzelten Scharmützeln als effektiv erwiesen.

Durch das Imperium aus Begnion besetzt und unterdrückt, kämpft der Bund der Morgenröte im kleinen Ländle Daein um die Freiheit. Währenddessen ruft im Nachbarland Crimea der Adel zur Rebellion gegen die junge und unerfahrene Königin Elincia.  Und die Halbmenschen der Laguz fassen den Plan, sich an Begnion für begangene Taten zu rächen. Exakt - auf Strategiefans wartet die eine oder andere Überstunde vor dem Nintendo Wii...