„Zu Beginn des dritten Jahrtausends“......beginnt das Abenteuer von Ecco dem Delphin. Nachdem das Intro erklärte, worum es geht, findet sich der Spieler im ersten Level wieder und lernt dort, die ersten einfachen Aufgaben zu lösen. In diesem Stage geht es noch friedlich zu. Ecco lernt, wie er rückwärts schwimmen kann, mit Delphinen kommuniziert und wie er durch Nahrung überlebt. Danach wird es auch schon schwieriger, denn so friedlich ist es nicht mehr in den nachfolgenden Gewässern. Er kämpft gegen Haie, muss sich vor giftigen Quallen in Acht nehmen und sollte sich vor Sandbänken und Ufern fernhalten, da er sonst nicht ins Wasser zurückkommt. Er lernt verschiedene Mächte und Lieder kennen, die ihm dabei helfen, Haie in die Flucht zu schlagen oder ganze Schwärme von Fischen zu führen.

Der Mensch träumte schon immer davon, den Weltraum zu erforschen, neue Planeten zu besetzen und sich die Schätze der ganzen Galaxie eigen zu machen. Im Jahre 2219 nach Christus war dieser Traum längst Wirklichkeit und die Rasse Mensch besiedelte weite Teile des Universums - regiert von der Militäraristokratie der Erde. Die Kolonisten lehnten sich aber gegen die Unterdrückung der alten Heimat auf: Der Planet Secillia war der neue Stützpunkt der Siedler und von dort aus starteten sie ihren Feldzug gegen die Erde. 24 Stunden nach der Kapitulation starten die Menschen der alten Welt ihren letzten verzweifelten Versuch, den Krieg für sich zu gewinnen. Indem sie das streng geheime Raumschiff ’’R-Gray’’ auf ein Himmelfahrtskommando schicken, dass besser unter den Namen ’’Operation Ray Storm’’ bekannt war, um den Frieden in der Galaxis zu sichern.