Seit 1991 wuseln die von Psygnosis erdachten Lemminge in regelmäßigen Abständen über den Bildschirm. Nach ihrem furiosen PSP-Debüt satteln die selbstmordgefährdeten Nager jetzt auf die PlayStation 3 um.

Auf einer Insel für Nanotechnologien bricht das Chaos aus. Der Hauptcomputer, der die Insel verwaltet, dreht durch und mikroskopisch kleine Nanotech-Roboter verwandeln die Inselbewohner in bösartige Mutanten. Natürlich muss sich einer um den Mist kümmern und so wird der Cyborg Jake Warren aus seinem Kälteschlaf aufgetaut. In die Hand bekommt er ein flexibles Plasmaschwert und den Auftrag Michelle Baker ausfindig zu machen, die sich irgendwo auf dem Eiland befindet. Sie ist leider die einzige Person, die den Hauptcomputer deaktivieren kann.

Ein Jahrtausend verging seit dem „War of the Magi“ und die Magie verschwand vom Antlitz der Erde. Doch wie durch ein Wunder wird in einer rußigen Mine der verschlafenen Bergsiedlung Narshe ein Esper, eine magische Kreatur, gefunden. Sofort entsendet das Imperium Teile seiner besten Spezialeinheit (ausgerüstet mit hochentwickelten Magitek-Rüstungen) um den Gerüchten auf den Grund zu gehen. Als sie das friedliche Dorf stürmen, metzeln sie den verzweifelten Widerstand der Einwohner nieder, um in das Gebirge einzudringen - im tiefsten Schacht treffen sie auf das schlafende Wunderwesen. Plötzlich breitet sich jedoch gleißendes Licht im Raum aus und zwei der Soldaten werden getötet, ihre Kommandantin erwacht Tage später aus dem Koma und kann sich an nichts mehr erinnern ... Eine spannende und wendungsreiche Story nimmt ihren Lauf!