Wie beim großen Bruder spielt man die verschiedenen Levels als Duo, dabei haben alle Charaktere verschiedene Fähigkeiten die geschickt eingesetzt werden müssen. In insgesamt fünf bekannten Locations wie Bikini Bottom oder Retroville bestreitet man mit einem Helden und einen Bösewicht jeweils drei verschiedene Levels samt Endgegnern. So werden alle Fans der Nicktoons gleichermaßen bedient werden und die Story mit Freuden mitverfolgen.
In den Levels müssen die beiden eigentlichen Kontrahenten auch zusammenarbeiten. Beispielsweise kann Spongebob auf Knopfdruck Luftblasen erschaffen, die den Teampartner auf eine höhere Ebene bugsieren kann, damit dieser oben einen Schalter drückt um unten für Spongebob eine Tür zu öffnen. Die Levels sind dabei erstaunlich komplex gestaltet worden, sodass jüngere Spieler eventuell sogar überfordert sein könnten. Glücklicherweise findet man in den Levels auch Wegweiser mit Bildern von einem der Spielfiguren, damit man weiß mit welchem Charakter man welchen Weg gehen muss.
So gibt es verschiedene Schalter im Spiel, die beispielsweise nur Tore eine zeitlang geöffnet halten oder von beiden Charakteren gleichzeitig betätigt werden müssen um die Veränderungen auftreten zu lassen. Gewechselt wird zwischen den Spielfiguren praktischerweise per Knopfdruck. Wahlweise kann auch ein zweiter Mitspieler mit seinem eigenen Nintendo DS und einem zweiten Spielmodul ins Spiel einsteigen und man kann zusammen das Spiel bestreiten.
Das Kampfsystem selbst ist dabei recht simpel gehalten: Jeder Charakter hat dabei eine normale Attacke und eine Spezialattacke, die jeweils per Knopfdruck ausgeführt werden. Sollten beide Charaktere nah beieinander stehen kann man zusätzlich noch eine starke, aufladbare Attacke auf die Gegner loslassen. Die Standardgegner im Spiel stellen dabei keine außerordentliche Schwierigkeit dar. Einzig die Endgegner der jeweiligen Welt werden eine Herausforderung darstellen, aber hier ist offensichtlich wo man seine Attacken anbringen muss.
Man mag es kaum glauben, aber nach verschiedenen bisher nicht ganz so qualitativ erfolgreichen Versuchen Spongebob adäquat auf dem Nintendo DS umzusetzen ist man nun auf einem richtigen Weg: Das kooperative Gameplay ist zwar nicht allzu simpel geraten von den Rätseln her gesehen, dafür sind die Puzzles interessant genug um auch längere Zeit mit dem DS zu verbringen. Schade, dass sich nach einiger Zeit etwas Langeweile einstellt, so hätten ein paar Minispiele das Gameplay sicher aufgelockert und hätten den Zweispielermodus noch etwas belebt.