Ein Jahrtausend verging seit dem „War of the Magi“ und die Magie verschwand vom Antlitz der Erde. Doch wie durch ein Wunder wird in einer rußigen Mine der verschlafenen Bergsiedlung Narshe ein Esper, eine magische Kreatur, gefunden. Sofort entsendet das Imperium Teile seiner besten Spezialeinheit (ausgerüstet mit hochentwickelten Magitek-Rüstungen) um den Gerüchten auf den Grund zu gehen. Als sie das friedliche Dorf stürmen, metzeln sie den verzweifelten Widerstand der Einwohner nieder, um in das Gebirge einzudringen - im tiefsten Schacht treffen sie auf das schlafende Wunderwesen. Plötzlich breitet sich jedoch gleißendes Licht im Raum aus und zwei der Soldaten werden getötet, ihre Kommandantin erwacht Tage später aus dem Koma und kann sich an nichts mehr erinnern ... Eine spannende und wendungsreiche Story nimmt ihren Lauf!

Die größte Neuerung in Final Fantasy IV gegenüber seinen drei Famicom-Vorgängern war sicherlich die erstmals fundiert ausgeprägte Storyline. Die Protagonisten verfügten jetzt einen wirklichen Charakter und eine eigene, individuelle Persönlichkeit, durch die man tiefer in die Hintergrundgeschichte abtauchen konnte.