Der Gott der Zerstörung Bacterian hat mal wieder einen schlechten Tag und unter seiner miesen Laune muss der Planet Gradius leiden. So startet Bacterians Raumflotte einen Angriff auf den Planeten. Vic Viper, Held der Stunde, schickt sich mit seinem Atmospheric Deep Space Fighter an, die Menschheit zu retten.

1995 war kein besonders glückliches Jahr für Nintendo. Das Super Nintendo begann angesichts der drohenden 32-Bit Konkurrenz aus dem Hause von Sega und Sony zu schwächeln. Dazu kamen die ständigen Verschiebungen des damals noch Ultra 64 genannten SNES Nachfolgers. Doch was der Firma anno 1995 sicherlich schwer im Magen gelegen haben dürfte, war der Virtual Boy. Mangelnde Spieleauswahl und katastrophale Verkaufszahlen führten zum größten Flop der Firmengeschichte. Dass nicht alle Spiele schlecht waren, wie oft behauptet wird, soll der Test des Releasetitels Mario's Tennis zeigen...

Bereits für das Jahr 1994 geplant, erblicke Ultracore (seinerzeit Hardcore) niemals das Licht der Welt. Beinahe komplett fertiggestellt wurde es abgebrochen, da sich Psygnosis und Sony so kurz vor dem Start der neuen Konsolengeneration, angeführt von Saturn und Playstation, auf eben diese konzentrieren wollten. Das ist bei einem solchen Reifegrad eh eine ärgerliche Sache, zusätzlich aber auch deshalb, da Ultracore vom damals noch recht jungen und heute allseits bekannten schwedischen Studio DICE (Battlefield und Mirrors Edge) bzw. Digital Illusions entwickelt wurde.

Zwar war die Darius-Reihe in der Spielhalle bisher immer mit einem Zweispielermodus ausgestattet gewesen, doch wurde dieser zumeist für die Heimportierungen gestrichen. Für den dritten Teil, der zeitgleich der Erste war, der nativ für Heimsysteme und damit auch für die typische 4:3-Auflösung entwickelt worden ist, wollte man diese Besonderheit gleich über den Namen ins Rampenlicht stellen. Außerdem stand Darius Twin vor der schwierigen Aufgabe, den deutlichen Rückstand zur Konkurrenz auszugleichen.