Goldene Zeiten brachen an als Mario das Weltraummonster Tatanga besiegte und das Königreich Sarasaland und Prinzessin Daisy von der Tyrannei befreite. Nun wollte der mutige Klempner endlich den versprochenen Urlaub in seinem Schloss antreten um die Erlebnisse zu verdauen und seinen Hobbys wie Tennis oder Golf nachgehen. Doch kaum an seinem kleinen beschaulichen Schlösschen angekommen, muss der Rohrreiniger feststellen das sich jemand anderes in seinem Domizil breit gemacht hat. Von der Brüstung aus lacht ihm eine in Schatten gehüllte Person zu. Entsetzen macht sich breit, denn Mario hat bis auf Bruder Luigi keinem den Schlüssel zu seinem Schloss gegeben. Zunächst hofft der Klempner das Schlosstor zu öffnen - aber vergebens. Zu seiner Verwunderung findet Mario aber eine Marmorwand mit sechs münzähnlichen Einkerbungen. Schnell wird ihm da klar was er benötigt, um endlich wieder der Herr seines eigenen Schlosses zu werden...

Nach dem sich die beiden ersten Teile der Super Mario Land Reihe innerhalb kürzester Zeit zu Verkaufsschlagern auf Big Ns Gameboy entwickelt hatten, entschied man sich bei der dritten Fortsetzung etwas Abwechslung in die Serie zu bringen und verzichtete nun auf Nintendos Maskottchen Numero Uno, Mario, als Hauptprotagonisten. Anstelle des pummeligen Klempners aus Bella Italia heißt es nun sich mit seinem bösen Pendant, Wario, durch die weiten Jump´n‘Run-Welten zu kämpfen.