Goldene Zeiten brachen an als Mario das Weltraummonster Tatanga besiegte und das Königreich Sarasaland und Prinzessin Daisy von der Tyrannei befreite. Nun wollte der mutige Klempner endlich den versprochenen Urlaub in seinem Schloss antreten um die Erlebnisse zu verdauen und seinen Hobbys wie Tennis oder Golf nachgehen. Doch kaum an seinem kleinen beschaulichen Schlösschen angekommen, muss der Rohrreiniger feststellen das sich jemand anderes in seinem Domizil breit gemacht hat. Von der Brüstung aus lacht ihm eine in Schatten gehüllte Person zu. Entsetzen macht sich breit, denn Mario hat bis auf Bruder Luigi keinem den Schlüssel zu seinem Schloss gegeben. Zunächst hofft der Klempner das Schlosstor zu öffnen - aber vergebens. Zu seiner Verwunderung findet Mario aber eine Marmorwand mit sechs münzähnlichen Einkerbungen. Schnell wird ihm da klar was er benötigt, um endlich wieder der Herr seines eigenen Schlosses zu werden...

Im Jahre 20XX wurde das erste alljährliche Roboterturnier abgehalten, das mit acht mächtigen und furchteinflößenden Robotern auftrumpfte, um die Massen zu begeistern. Mr. X, der Sponsor dieses Turniers, verschaffte sich Zugang zu den Gladiatoren der Arena, um diese für seine Welteroberungspläne zu missbrauchen. Sofort tritt Held Mega Man auf den Plan, um die Zivilisation nicht den Launen dieses Wahnsinnigen zu überlassen. Aber Moment mal? Wer ist Mr. X und wieso hat er so eine Ähnlichkeit mit einem verrückten Wissenschaftler, den jeder NES-Besitzer kennen sollte?