Metal Gear Solid beschäftigt sich mit "Gene" (Genen) und 'nature vs. nurture', also dem Anlage-Umwelt-Konflikt. Der Begriff "Anlage" (im Englischen "Nature") bezieht sich auf genetische Informationen, die in den Chromosomen des Menschen gespeichert und an die Nachkommen vererbt werden. Mit Umwelt ("Nuture") wird die soziale und materielle Umwelt eines Menschen umschrieben. Obwohl Liquid seinem Zwilling genetisch überlegen ist, also über ein höherwertiges Erbgut verfügt, gelingt es ihm nicht ein einziges Mal Solid zu besiegen. Snakes äußere wie innere Umstände und Einflüsse, seine Motivation und Beweggründe zu kämpfen sind stärker als eine theoretische Überlegenheit in der Erbanlage. Allein sein Willen reicht aus um die Fessel seines genetisch vordefinierten Schicksals zu brechen.
Memen sind die kulturellen Gegenstücke zu biologischen Genen und werden in Metal Gear Solid 2: Sons of Liberty behandelt. Ein Mem ist eine Idee, ein Gedanke, ein Gefühl, in seiner Gesamtheit auch Kultur. Ebenso wie ein Gen, unterliegt auch das Mem der Evolution und somit der darwinschen Theorie der natürlichen Selektion. Sinnvolle kulturelle Eigenschaften werden an die Nachkommen weitergegeben, andere Bräuche und Sitten sterben aus, werden vergessen. Die Patriots wollen Memen nun gezielt steuern und beeinflussen (Memetic Engineering) und beabsichtigen mit Arsenal Gear den Informationsfluss zu lenken um somit in Meinungen, Wahrnehmung und Gedanken der Menschen einzugreifen. Während Gene die Hardware des Lebens bilden, kann man sich Memen als Software vorstellen:
"Scene" ist das Hauptthema in Metal Gear Solid 3: Snake Eater und bezeichnet die Umstände die Menschen und Ereignisse beeinflussen. Im Gegensatz zu "Meme" und "Gene" ist "Scene" höchst subjektiv, abhängig vom Blickwinkel des Betrachters. The Boss selbst ist das beste Beispiel der "Scene"-Thematik. Sie ist ein Opfer der äußeren Umstände, ihr Schicksal, ihre "Szene" ist der Kalte Krieg in dem sie für ihr Land ihr Leben lassen muss. Naked Snakes "Rolle" in dieser Szene ist es seine Mentorin wider Willen zu töten. "Scene" bestimmt auch das Leben aller übrigen Protagonisten in Snake Eater. Der Kalte Krieg zwingt Sokolov eine Massenvernichtungswaffe zu entwickeln, EVA muss ihre Liebe verraten um ihre Pflicht zu erfüllen, Volgin wird von der Macht der Legacy überwältigt. Ein Vergleich zwischen Solid Snake und Big Boss verdeutlicht das "Scene-Theme" noch besser: Beide sind genetisch identisch, keine schlechten Menschen. Dennoch macht das Setting - der äußere Rahmen - beide zu Todfeinden.
"Meme", "Gene" und "Scene" verdeutlichen das allumfassende Machtbedürfnis der Patriots. Durch die Genom-Soldaten und das Les Enfant terrible-Projekt sollte der perfekte Soldat, das perfekte Werkzeug erschaffen werden ("Gene"). Im Kontrast dazu werden mit der "GW"-K.I. die Wahrnehmungen und Ideen kontrolliert, allein die Patriots bestimmen was die Menschen denken ("Meme"). Zudem gestalten die Patriots, den äußeren Rahmen, die Bühne auf der die Akteure sich wie Marionetten bewegen ("Scene"). Dieser totalitären Unfreiheit steht der Freiheitskampf von Gene, Big Boss, Liquid, Solidus und Solid Snake gegenüber. Der Soldat steht in allen Metal Gear-Spielen für den Untertan, der Befehlen folgen und sich den Wünschen höherer Mächte fügen muss. The Boss hat diese Rolle bis zum bitteren Ende pflichtbewusst erfüllt. Allen nachfolgenden Elite-Soldaten sollte The Boss zum Vorbild gereichen, ebenso wie sie das perfekte Werk- und Spielzeug für die Patriots bilden.
Gene brach als erster aus diesem Teufelskreis aus, schuf ein befreites Stück Erde auf dem er gemeinsam mit anderen "befreiten" Soldaten selbstbestimmt und frei existieren konnte. Big Boss, Liquid, Solidus und Snake waren allesamt anfangs treue Vasallen der Patriots (Ob wissentlich oder unwissentlich), geschaffen um zu dienen. Schließlich emanzipierten Sie sich und wandten sich gegen ihre Schöpfer, trafen ihre eigenen Entscheidungen und rebellierten gegen die Rollen, für die Sie bestimmt waren. Ein besonders tragisches Schicksal ereilte Grey Fox, der einst als Befehlsempfänger der Patriots antrat, sich in Metal Gear 2 befreite, in Metal Gear Solid aber wieder als willenloser Cyborg sein Ende fand. Auf dem Vermächtnis Army's Heavens baute Outer Heaven, Shadow Moses und Manhattan sollten folgen. Leuchttürme im Kampf gegen allumfassende Kontrolle der Patriots. Dennoch wird simple Schwarz-Weiß-Malerei dem Freiheitskampf der Snakes nicht gerecht, jeder ging für seine Ziele, seine Befreiung über Leichen, war bereit Millionen zu opfern. Diesen Extremismus wollte und konnte Solid Snake nicht mittragen, der sich nicht nur gegen die Patriots sondern auch gegen seine Brüder wandte und somit den Aufstand gegen Fremdbestimmung um eine humanistische Komponente erweitert.
