Knapp sechs Jahre nach Snake Eater sagt sich Naked Snakes ehemalige Einheit - die FOX Unit - vom CIA los und wird auf eigene Initiative tätig. Anschließend wird der frühere Kamerad kurzerhand gefangen genommen und inhaftiert. Für Verhör und Folter zeigt sich FOX-Leutnant Cunningham verantwortlich, der gern die verschollene Hälfte der Philosophers Legacy (die sich im Besitz Ocelots befindet) für seine Organisation akquiriert hätte, wohl wissend dass Snake einen Großteil des Philosophers-Vermögen für die US-Regierung gesichert hat. In der Nachbarzelle wird Roy Campbell festgehalten, ein Überlebender der Green Berets, die den Auftrag hatten die abtrünnigen Söldner zu eliminieren. Gemeinsam können Snake und Roy ausbrechen, die FOX-Basis befindet sich in einem ehemaligen Sowjet-Raketensilo mitten in Kolumbien.
Schließlich wird offenbart, dass Big Boss selbst verdächtigt wird die Revolte angezettelt zu haben, die einzige Möglichkeit seinen Namen reinzuwaschen ist die Festnahme des wahren Anstifters, Gene. Nach mehreren Scharmützeln mit FOX-Söldnern stellt sich heraus, dass Cunningham insgeheim für das Pentagon arbeitet. Sein Ziel war es, Gene mit Hilfe von Big Boss dazu zu bringen einen Atomschlag gegen Russland zu führen, um so den Kalten Krieg wieder aufflammen zu lassen (und so Macht und Einfluss des Pentagons zu sichern). Zu dumm dass Gene dank Ocelot die ganze Zeit von Cunninghams zwielichten Absichten wusste... Sein Plan ist es viel mehr die Bombe auf Amerika zu werfen um die Philosophers zu vernichten und "Army's Heaven" auszurufen, einer Nation für altgediente Soldaten. Nach dem obligatorischen Shootout mit einem Metal Gear und dem Showdown zwischen Big Boss und Gene, übergibt ihm der Besiegte sämtliche Besitztümer von Army's Heaven - inklusive Ausrüstung, finanzieller Reserven und Söldnerarmee - mit den Worten, dass er sie eines Tages brauchen wird...
Nach seiner Rückkehr wird Naked Snake mit militärischen Ehren ausgezeichnet und begründet mit FOXHOUND die Nachfolge-Organisation der widerspenstigen FOX-Einheit. Schließlich wird in einer geheimen Unterredung mit Major Zero verraten, dass Ocelot den drohenden Atomschlag auf Amerika inszeniert hat, um den Chef des CIA zu erpressen und Unterlagen über die amerikanischen Philosophers auszuhändigen. Anschließend wird der DCI, selbst Mitglied der amerikanischen Philosophers, von Ocelot erschossen.
