

(1964)
Es obliegt nun dem inzwischen genesen Snake diese vollmundigen Versprechen einzulösen, Operation Snake Eater beginnt! Während seiner selbstmörderischen Mission erhält die kampferprobte Schlange Unterstützung von EVA, einer Ex-NSA-Agentin, die ein paar Jahre zuvor zum Feind übergelaufen war. Nach mehreren Scharmützeln mit den Truppen des russischen Majors Ocelot und der vollständigen Liquidierung der Cobra-Einheit wird Snake in Volgins stark gesicherter Festung - Groznyj Grad - gefangen genommen.

Nach dem zweiten Weltkrieg splitteten sich die Schatten-Herrscher auf, der amerikanische Arm nannte sich fortan "The Patriots". Die schier unendlichen finanziellen Ressourcen der Philosophers wurden auf unzähligen Konten versteckt. Volgin nahm die Transaktions-Daten an sich, insgesamt bildeten die Fonds eine Summe von rund 100 Milliarden US-Dollar. Die USA hätten diesen Schatz namens "The Philosopher's Legacy" gern wieder.
Snake vollendet seinen Auftrag pflichtbewusst, vernichtet den Shagohod und tötet Volgin, ehe er seine ehemalige Lehrmeisterin The Boss stellt. In Wahrheit verriet The Boss niemals ihr Vaterland, sie erschlich sich lediglich Volgins Vertrauen um einen Mikrofilm mit den Philosopher's Legacy-Daten zu sichern, zudem wird verraten, dass Sie die Mutter Ocelots ist. Dennoch ist es Snakes Pflicht The Boss zu töten, nur so lässt sich schließlich ein bewaffneter Konflikt zwischen den USA und der Sowjetunion abwenden. Ebenso ist es The Boss' Schicksal als Verräter in die Geschichte einzugehen, obwohl sie stets dem Wohle ihres Landes diente. Auf Ewigkeit als Überläufer gebrandmarkt, ungeachtet dessen, dass sie stets ihren Befehlen folgte und gemeinsam mit der bis zum bitteren Ende treu ergebenen Cobra-Einheit sogar den Ausgang des zweiten Weltkrieges aktiv beeinflusste. Im Abspann eignet sich EVA den Mikrofilm an, sie war die ganze Zeit eine Doppelagentin des chinesischen Arms der Philosophen. Snake erhält den Titel "Big Boss" und wird für seine Dienste hoch dekoriert, melancholisch legt er The Boss' Waffe und einen Lilienstrauß an einem unscheinbaren Grab nieder. Nach den Credits wird das epische Game von einem Telefonat Ocelots beendet: EVAs Mikrofilm war lediglich ein Plagiat.
